时为西元2205 年，政府为了对抗目的为干涉过去历史的“历史修正主义者”，决定将拥有刀剑唤醒力量的审神者，以及最强付丧神“刀剑男士”送往各个时代，展开各式各样守护历史的冒险战斗……而花丸将以“某个本丸”为舞台，描写生活于其中的刀剑男士们的日常生活物语！

于西元2205 年时，政府为了对抗目的为干涉过去历史的「历史修正主义者」，决定将拥有刀剑唤醒力量的审神者，以及最强付丧神「刀剑男士」们送往各个时代，展开各式各样守护历史的冒险战斗……而花丸将以某个本丸为舞台，描写生活于其中的刀剑男士们的日常生活物语！

故事发生在遥远的二零二零年，在同神秘生物“原肠动物”的战争中，人类首次尝到了彻底失败的滋味，土地被剥夺，权利被压榨，在冷酷的独裁统治之下，人类被迫过起了苟且偷生的压抑生活。然而，即便如此，坚强的人们仍然没有放弃反抗的机会，为了对抗强大的敌人，“天童民间警备公司”成立了。表面看来，里见莲太郎（梶裕贵配音）只是一介平凡的十六岁告众人，可实际上，他年纪轻轻就已经成为了“民警”中的一员，在搭档蓝原延珠（日高里菜配音）的帮助下，莲太郎决定要找到莫名死亡的父母的真正死因。一个绝密任务的出现将莲太郎带往了巨大谜团的中心

叙述世上曾经存在着一种被称为“夜行神龙”的生物，他们有着强壮的身体、锐利的爪子和有力的翅膀。白天，他们只是高塔的石像；但当夜晚来临，他们就会活动起来，成为黑夜的守护者。在西元994年的苏格兰城堡，其中一族的神龙与人类结盟，共同对抗外敌入侵。但之后却因为人类的阴谋，神龙们惨遭灭族。悲伤的神龙领袖带着残余子民，在魔法师的法术下，选择了保持石像状态，陷入永世的长眠。

二战之后，随着超级霸权间的核竞争，灭世之战一触即发。活在愚民统治中的国民还不知道，一场真正的危机即将席卷全球。图灵八年，也就是灭世之前的西元1962年。古巴导弹危机的意外，引爆了所有核弹。这场毁灭世界的核战，只持续了七个小时便扫平了当时所有城市。一年后，仅存的七百分之一人类，不分信仰与国界。重现建立了一个新的城市——摩登市。异次元犯罪联盟的出现，触发了人类本体的罪恶之源。一场人性之间的战争再次拉开，而陶拉里亚大学的精英人类，为了打破现状，准备改变潘多拉魔盒计划，防止罪恶的延续。