当企业号正在例行巡视时，毕卡特舰长突然接到消息，显示波格族人已经进入联合星系，预备直闯地球。这行动直接影响星际间的和平及地球安危，舰长于是率领企业号返回地球准备还击，结果获得胜利。波格族经过失败后，族人精心计划，企图卷士重来。企业号紧随波格族人回到地球，向其猛烈进攻……

故事主要是围绕一艘名叫邦蒂的船展开。邦蒂于1789年离开波特毛斯港口，前往南美，此次的任务就是前往大溪地某座岛屿，从那里得到一种像面包一样的水果品种，并把它运回英国。故事的主人公弗莱切·克里斯坦是船上的大副。他性格刚烈，很不满威廉姆·布莱斯船长的作风。而船长是一个极度刚愎自用的人，他听不仅下属们的建议和意见，反倒是百般折磨他们，就连喝水都被当作是一种惩罚：如果不服从他，就不给水喝。刚开始大家总是默默忍耐，敢怒不敢言。但是布莱斯船长不仅没有收敛，反而变本加厉地加重处罚措施，最后甚至用鞭子抽打那些犯了错的船员

该剧通过讲述军人及其家属的日常生活，表新出新时代解放军保家卫国的决心以及他们的家属默默作出的牺牲。舰长肖伟国率海军编队奔赴亚丁湾护航，其妻龚新华走马上任家属委员会主任。因为军嫂杨灵儿开饭馆，军嫂周韵参加模特大赛，军嫂欧阳春要外企的高职高薪不要孩子，龚新华与自己的老同学曹冰冰冲突不断。曹冰冰是舰长韩世杰的妻子，任职区委办公室主任，分管军民共建工作，正与龚新华的工作有交集,一直暗存心结。肖伟国的痴呆老父亲又总是错认曹冰冰家为自己家，导致龚曹二人因公因私冲突不断;毛大华一直带领队员潜心研究索马里海盗中我们最强劲

进取号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡德接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡德曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡德不顾命令，仍然参与战斗，之后进取号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。

皮卡德舰长获知数据中尉在巴库星球被掳为人质后立刻率进取号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；数据被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。