明朝天启年间，左都御史杨涟因得罪魏忠贤含冤入狱，魏忠贤授意东厂及锦衣卫秘密将杨家灭门，徐长卿受王冬青所托秘密救援杨涟孙女杨紫萱，长卿舍身护送紫萱从应山府逃到龙泉村同仁医馆投靠刘谦，刘谦感念恩师杨涟恩情，将紫萱收作关门弟子细心照顾并传授其医学知识，此后几个人将医馆生意打理的井井有条，没想到却引来同行郎中吴南星的嫉妒，最后惊动魏忠贤党羽，魏忠贤得知杨紫萱踪迹派出多批杀手奔医馆而来，只为将杨家孤女紫萱和账本（杨涟所留魏忠贤通敌）一同斩草除根……江湖风云又起。在韩佩兰徐长卿等人保护下刘谦紫萱准备开始转移，不料突遇

武林高手上官星宇追赶黑衣人途中遭遇一场命案，死者死相怪异，引起了他的好奇心。没想到这只是一连串凶杀案的开始，紧接着出现了密室杀人、医馆惨案，几桩案件的线索都指向了“蝴蝶作案”，大理寺众人深陷谜案之中，师妹莫昭言也身陷危机。上官星宇受托于大理寺调查此案，与南疆奇女、大理寺少卿等人建立破案小组。他们能否拨开层层迷雾，打破僵局查出真凶？

萧洛宸前往集市，在医馆中遇到了和陈汐瑶一模一样的人，萧洛宸冒充成伙计在医馆中工作，慢慢发现眼前的女子便是当初的陈汐瑶，而她却失忆了，萧洛宸决定默默守护，但温亦妍却从宫中逃了出来，利用毒药让陈汐瑶恢复了记忆，并下毒给萧洛宸，萧洛宸也在痛苦中晕倒，亡命鸳鸯再续前缘。

现代医生穿越成古代医妃云若月，为实现梦想“开一家属于自己的医馆”，融资、招商、搞事业！额外附赠爱情上门，云若月与王爷楚玄辰感情日渐升温。但危机随即而来，云若月深陷官司，王爷为救爱妃闯大狱劫法场，自己也迎来了新的挑战，且看二人如何共渡难关。

Alice虽其貌不扬，但心地善良，家中四代都是开医馆，身为记者的她也精通医术。因她效力的杂志社被收购，继而认识Ryan。Ryan看上去英俊潇洒，但实际上身体虚弱。两人刚开始有些误会，当误会冰释后两人成为了朋友。Alice暗暗喜欢上Ryan，毫不知情的Ryan告诉Alice自己对名作家Michelle一见钟情。

秦芝艾出身名医世家，父母突逢变故意外离世后无奈接手医馆艾真堂。秦芝艾夜晚采药路过乱葬岗，发现昏迷男子孟宗竹，施针治疗却导致其口吐白沫，气息全无。于心有愧的秦芝艾将孟宗竹带回家，不料孟宗竹诈尸而起，并称是不死傀，收走了秦芝艾的魂魄，让秦芝艾成为他的仆人。秦芝艾调理好了戏曲名伶江溪之脸上毒痘，江溪之便为秦芝艾组织了粉丝见面会推销养生药妆，并将秦芝艾引荐给了丞相之女许灵灵。许灵灵为了救父亲胁迫秦芝艾交出祖传药方，在相府秦芝艾发现了父母遇害竟是因为皇上在寻找长生不老的丹药，在孟宗竹的帮助下，查找真凶的同时意外发现